Les interactions entre les communautés microbiennes benthiques associées aux sédiments (CMBS) et les polluants anthropiques (Cd, Cu, Pb, Zn, PCBs, etc.)
sont très peu connues en milieu marin. Ceci est regrettable car les CMBS ont un rôle majeur dans les phénomènes de pollution secondaire (les
contaminants accumulés dans les sédiments peuvent être réintroduits dans la colonne d'eau). Des recherches fondamentales concernant ce sujet sont actuellement
menées au Laboratoire de Biologie marine. Les nouvelles méthodes de microbiologie moléculaire sont utilisées en routine au laboratoire. Ces méthodes
sont la DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), le clonage-séquençage de l'ARN ribosomial 16S, et l'hybridation in situ (FISH, Fluorescent In Situ
Hybridization). Grâce à ces méthodes, il a récemment été possible d'étudier la contamination extrême d'un fjord norvégien (le Sorfjord),
contaminé pendant plus de 80 ans par des métaux lourds. Il a ainsi été montré que la biodiversité des CMBS, ainsi que leur biomasse, est comparable dans les
zones contaminées et les zones non contaminées. Les CMBS sont donc capables de s'adapter à des conditions extrêmes. L'effet individuel des contaminants
métalliques (par exemple le cuivre) sur les CMBS est également étudié en employant la technique des microcosmes (Gillan 2004).