Les interactions entre les communautés microbiennes benthiques associées aux sédiments (CMBS) et les polluants anthropiques
(Cd, Cu, Pb, Zn, PCBs, etc.) sont très peu connues en milieu marin. Ceci est regrettable car les CMBS ont un rôle majeur dans les
phénomènes de pollution secondaire (les contaminants accumulés dans les sédiments peuvent être réintroduits dans la colonne
d'eau). Des recherches fondamentales concernant ce sujet sont actuellement menées au Laboratoire de Biologie marine. Les nouvelles
méthodes de microbiologie moléculaire sont utilisées en routine au laboratoire. Ces méthodes sont la DGGE (Denaturing
Gradient Gel Electrophoresis), le clonage-séquençage de l'ARN ribosomial 16S, et l'hybridation in situ (FISH, Fluorescent In Situ
Hybridization). Grâce à ces méthodes, il a récemment été possible d'étudier la contamination extrême d'un fjord norvégien (le
Sorfjord), contaminé pendant plus de 80 ans par des métaux lourds. Il a ainsi été montré que la biodiversité des CMBS, ainsi
que leur biomasse, est comparable dans les zones contaminées et les zones non contaminées. Les CMBS sont donc capables de
s'adapter à des conditions extrêmes. L'effet individuel des contaminants métalliques (par exemple le cuivre) sur les CMBS est
également étudié en employant la technique des microcosmes (Gillan 2004).