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Automation et Morphométrie Quantitative


Description :


En biologie cellulaire, il est fréquent que toutes les cellules d'une population ne présentent pas le même phénotype, un
concept connu sous le terme de 'pénétrance' qu'il est indispensable de rencontrer par l'approche statistique. La morphométrie
quantitative vise à la caractérisation numérique détaillée, et validée statistiquement, d'objets divers tels que des types
cellulaires distincts ou des structures sous-cellulaires particulières (par exemple des organelles). Ceci inclut, le dénombrement
d'objets, le calcul de leur diamètre, surface, volume, le pourcentage de chevauchement entre différents objets (co-localisation),
etc. La reconnaissance des structures cellulaires et sous-cellulaires peut s'effectuer sur base de leur morphologie particulière
(marquages histochimiques), sur la base de leur fluorescence (utilisation de rapporteurs protéiques ou ribonucléiques). Un aspect
essentiel de notre travail consiste en la segmentation de l'image (voir illustration), ç-à-d le paramètrage précis de logiciels
d'analyses menant à la reconnaissance autonome et à la discrimination d'objets d'intérêts. En combinant les techniques de
criblages robotisés, dites à 'hauts débits', qui permettent d'analyser des centaines d'échantillons sans l'intervention
d'opérateurs, à celle de la reconnaissance morphométrique par des logiciels 'intelligents', nous serons à même, par exemple, de (i)
dénombrer des bactéries dans le cytoplasme de macrophages, (ii) tester l'effet de plusieurs dizaines de milliers de molécules
synthétiques ('drug design') sur des voies de différentiation de cellules souches ou (iii) sur le patron de localisation
sous-cellulaire d'un antigène d'interêt (par ex. relocalisation dynamique dans le cytoplasme d'un récepteur membranaire). Des
applications macroscopiques, telles que le dénombrement de plaques de lyses, ou le calcul de la distribution relative de plusieurs espèces
de microorganismes pathogènes sont possibles. Le dévelopement de protocoles à haute résolution est mené en collaboration avec
le Service du Métabolisme de l'ARN de l'Université Libre de Bruxelles.

Liste des responsables :


  • LAFONTAINE Denis


Liste des bailleurs :


  • Autres U.E.